В 2002 году при футбольном клубе «СКА-Энергия» была организована детско-юношеская школа. На месте гаревого тренировочного поля стадиона имени Ленина появился искусственный газон, на котором начинали заниматься мальчишки СКА.

В 2015 году школа была преобразована в Центр подготовки юных футболистов, где сейчас тренируются более трёхсот ребят одиннадцати возрастных групп. Воспитанники Центра подготовки регулярно пополняют ряды молодежного состава «СКА-Хабаровск». В разные годы эта команда выступала в Первенствах ДФО и Хабаровского края, а также в Первенстве молодежных команд клубов Российской Премьер-лиги.

В ЮФЛ Дальний Восток «СКА-Хабаровск» представят команды до 16 и до 18 лет. С 2026 года выступает в Дивизионе Б Молодёжной футбольной лиги